La Olivicultura en Colombia no es una actividad agrícola económicamente importante, sin embargo en la región del Alto Ricaurte-Boyacá-Colombia se practica desde hace más de 200 años. Las plantaciones que existen suman alrededor de 18000 árboles de los cuales aproximadamente 3000 son plantaciones nuevas sembradas durante los últimos cuatro años, los demás son árboles de más de 30 años. No se sabe estos olivos a qué variedades corresponden; sin embargo son conocidos con el nombre de algunas variedades italianas, españolas y portuguesas. El presente estudio buscó la identificación de los olivos plantados en la región a través de análisis molecular, para lo cual se escogieron árboles (39 árboles de tres y cuatro años así como otros mayores de 30 años) en tres municipios y cinco fincas. El ADN se extrajo a través del método CTAB y para la identificación varietal se emplearon marcadores genéticos basados en reacción en cadena de la polimerasa, (PCR) con microsatélites (SSR). De las 39 muestras analizadas se encuentra que existen 10 genotipos donde el genotipo 4 contiene la mayor cantidad de individuos tanto de árboles jóvenes como de aquellos mayores de 30 años; la finca donde existe mayor diversidad es “La Rioja de los Villamiles” y la más homogénea “Las Acacias”, ambos en Sutamarchán Boyacá. Los genotipos encontrados no corresponden a las denominaciones dadas en la región, también se encuentra que hay varios casos de homonimia.